TCT制片机对样本质量的依赖性较高，存在细胞采集量不足和保存液干扰等问题。临床数据显示，约15%的样本因采样刷未深入宫颈管导致移行带细胞获取不全，影响鳞柱交界区病变的检出。保存液中乙醇浓度偏差超过±5%时，会导致细胞皱缩或肿胀，某医院检测发现，使用过期保存液的样本中，细胞核形态失真率高达23%。此外，血性样本处理仍是技术难点，红细胞与白细胞的比例超过5:1时，自动制片系统难以有效分离，某型号设备在血性样本中的有效细胞回收率仅为68%，显著低于理想值（≥85%）。
现有设备在制片均匀性和细胞分布方面存在技术瓶颈。不同品牌设备的细胞单层覆盖率差异达20%-50%，某国产设备的平均覆盖率为62%，而进口高端设备可达89%。自动化制片的细胞重叠率普遍在8%-15%之间，当重叠细胞超过3层时，人工镜检误诊率增加40%。液基薄层技术对低浓度样本的富集能力有限，当细胞浓度低于5000个/毫升时，阳性检出率下降37%。某三甲医院对比研究发现，手工涂片与自动制片的hsil检出率分别为12.3%和9.8%，差异具有统计学意义（p<0.05）。
TCT制片机的高成本限制了基层医疗机构的普及，进口设备单价普遍在80-150万元，单次检测成本约60-100元，是传统巴氏涂片的5-8倍。设备维护复杂，某品牌设备的液路系统每月需更换过滤膜，年维护费用超过10万元。检测周期较长，全自动设备完成50份样本需2-3小时，无法满足急诊需求。此外，人工智能辅助诊断系统的适配性不足，现有算法对制片质量缺陷的识别准确率仅为79%，漏检率是人工复核的2.3倍。